ATAC-Seq - BOKAISEN

ATAC-Seq 简介

博凯森现已可提供转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）服务，这是一种用于全基因组范围内绘制染色质可及性图谱的高通量测序方法。该方法是 DNase-seq或 MNase-seq等技术的快速且灵敏的替代方案。通过使用我们的服务，您可以检测全基因组范围内开放且可及的染色质区域，从而揭示活跃的调控区域。

真核生物的基因组高度压缩，以适应有限的细胞核空间。因此，基因组信息的获取受到严格的细胞状态调控。基因组中哪些区域是可及的，能够反映出大量关于细胞状态的重要信息。ATAC-seq 技术正是用于定位这些开放染色质区域的有效方法。

主要特点与优势

深入了解基因调控机制、细胞对处理或疾病的响应
识别驱动细胞命运、疾病或应答的转录因子
适用于样本量有限的临床或珍贵样本
对生物样本需求量低，整个流程仅需约 3 小时

项目流程

ATAC-seq 的关键步骤是转座酶 Tn5 作用于样本的基因组 DNA。转座酶是一类能够催化转座元件在基因组内移动的酶。天然的转座酶活性较低，而 ATAC-seq 使用的是经过突变的高活性转座酶。这种高活性酶能高效识别暴露的 DNA 区域，并同时将特定的接头序列（adapters）连接到 DNA 上。随后，这些接头连接的 DNA 片段会被提取出来，经过 PCR 扩增后进行高通量测序。ATAC-seq 的实验流程见Figure 1 所示。

ATAC-seq Workflow Figure 1. Schematic workflow of ATAC-seq process.

	数据分析在实验过程中可及的基因组区域会累积大量测序 reads（因转座酶优先作用于此），在 ATAC-seq 信号图中形成清晰的“峰”。通过峰值识别工具可以检测到这些区域，并进一步将其归类为启动子、增强子、绝缘子等不同类型的调控元件。这个分类过程通常结合转录起始位点（TSS）距离或其他实验数据进行。在 ATAC-seq 信号增强的区域内部，还可以观察到信号缺失的亚区域。这些通常只有几个碱基长的区域被认为是 DNA 结合蛋白的“足迹”，这些蛋白保护 DNA 不被转座酶剪切，从而导致信号减少。数据质量控制参考基因组比对峰值检测注释分析差异分析基序发现此外，ATAC-seq 还可用于推断核小体位置。
	样本要求样本类型：人、小鼠、大鼠组织；活细胞，不接受纯 DNA。细胞数量：≥ 1×10⁵ 个，精确计数是实验成功的关键。推荐使用健康的、单细胞悬液状态的均一细胞。
	测序策略与推荐数据量 Illumina HiSeq PE50 或 PE150。如需进行核小体定位等分析，建议使用双端测序（如 Illumina HiSeq PE150）。建议数据量：≥ 5000 万 reads。

博凯森承诺为您提供高质量的服务，我们的专业团队拥有超过十年服务全球研究者的经验，值得信赖。如您对服务有任何疑问，请随时联系我们。