PacBio SMRT测序

博凯森生物正在提供PacBio SMRT测序，以补充我们的NGS设施。通过利用 长读单分子测序 PacBio开发的能力，我们很自豪能提供先进的基因组 重新 装配解决方案和 全长基因/转录物测序 策略以满足您的项目需求。

PacBio SMRT测序介绍

Single Molecular Real-Time (SMRT) sequencing employs a specialized flow cell with many thousands of individual picolitre wells with transparent bottoms — zero-mode waveguides (ZMW). The polymerase is fixed to the bottom of the well and allows the DNA strand to progress through the ZMW. As a result, the system can focus on a single molecular. SMRT sequencing allows for real-time imaging of fluorescently tagged nucleotides that are synthesized along with individual DNA template molecules. The sequencing reaction ends when the template and polymerase dissociate. The average read length from the PacBio  instrument is approximately 2 kb, and some reads may be over 20 kb. Longer reads are especially useful for 重新 新基因组的组装，可以跨越更多的重复和碱基。

在真核和原核基因组中发现的高度重复的元件对基因组组装提出了挑战，并使重复序列的详细研究变得困难。 长读测序 提供超过几千或几十千碱基（kbs）的读取，这可以通过一次连续读取跨越复杂或重复的区域，从而解决这些大型结构特征的问题。除了来自单个未扩增分子的相当长和高度精确的DNA序列外，它还可以显示甲基化碱基的位置，从而提供有关基因组编码的DNA甲基转移酶的功能信息。PacBio SMRT测序在以下研究中具有独特优势 重新 基因组学， 宏基因组学, 转录组学 和 表观遗传学.

PacBio SMRT测序的优势

• 最长平均读取长度
• 最高的共识准确性
• 统一覆盖
• 同时表观遗传特征
• 单分子分辨率
• 快速且经济实惠

我们的PacBio SMRT测序服务

我们利用先进的PacBio SMRT仪器（PacBio SR II和PacBio Sequel）进行多种研究，包括全基因组 重新 基因组组装、全长靶标测序、宏基因组学研究、全长转录本测序和全基因组DNA修饰分析。我们经验丰富的专主页团队遵循每一个程序执行质量管理，以确保获得自信和公正的结果。

• 长读宏基因组测序
• 细菌全基因组 重新 测序服务
• 真菌全基因组 重新 测序服务
• 全长转录物测序（Iso-Seq）
• 人类基因组PacBio SMRT测序
• Full-length 16S/18S/ITS rRNA sequencing

我们的生物信息学管道包括 重新 组装、碱基修饰检测、单分子共识生成、转录物分析、扩增子分析、序列比对和变异检测。根据您的特定需求，可以进行更多的数据挖掘。

在我们经验丰富的科学主页和先进平台的支持下，博凯森生物可以帮助您研究 基因组学, 转录组学, 表观基因组学, 微生物基因组学，以及 单细胞测序.具有无与伦比的读取长度、均匀的覆盖范围和高精度。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。

1.PacBio RS II和PacBio Sequel有什么区别？

PacBio于2013年发布了基于SMRT技术的RS II系统，其平均读取长度达到10kb，最长读取长度超过20kb。Sequel是PacBio的最新平台，同样基于SMRT技术，但在吞吐量和数据质量方面有了很大提高。

表1。PacBio RS II与Sequel的比较。

2.什么是尺码选择？

PacBio allows for the sequencing of full-length cDNA libraries at single-molecule resolution. However, most transcripts are 1-1.5kb. Longer transcripts are hard to detect due to low abundance, amplification bias, and preferential loading of smaller SMRTbell constructs. Therefore, size selection is a powerful way to dramatically increase the number of transcripts>1.5kb. This is especially essential for transcripts>3kb. As for degraded samples, shearing is not necessary, which may further reduce library insert size, and size selection is important to remove shorter fragments that will be much less beneficial in assembly. Size selection can be performed with agarose gels or BluePippin system. Additionally, size selection can  be used for whole-genome 重新 测序。

3.DNA样本的要求。

一般来说，提交DNA样本时需要采取以下预防措施：

• 确保DNA样本的纯化和完整性。
• 避免DNA过度干燥。
• 使用凝胶纯化时，避免基于乙锭/紫外线的可视化。
• 避免DNA过热和涡流。
• 进行最低限度的冻融循环。
• 双链DNA。