几年来，博凯森生物一直在提供准确且负担得起的人类基因组重测序服务。博凯森生物介绍以前隐藏的 PacBio SMRT技术 that has great application potential in human genome resequencing. The long single-molecule reads reveal structural variants and produce direct variant phasing information across haplotype blocks and methylation. This is very helpful to broaden the utility of precision medicine efforts to improve human health, and greatly promote the development of human single-gene diseases, complex diseases and tumor genomes.
应用：
1.SV检测
SVs代表基因组重排（通常定义为长度超过50 bp），SVs可能在人类疾病、进化和遗传多样性中发挥重要作用。近年来，许多遗传性疾病和癌症与大量SV有关。在过去的四分之一个世纪里，单核苷酸变异（SNVs）的检测取得了巨大进展，但中等大小（50 bp至50 kb）的结构变异（SV）仍然是短读DNA测序的挑战。PacBio SMRT序列的最长读取长度为40~70K，可以很容易地覆盖高重复性和高杂合性区域，为SVs检测提供了可能性。
2.单倍型基因分型
A haplotype (haploid genotype) is a group of alleles in an organism that is inherited together from a single parent. The correct genotyping of haplotype gene is important; for example, the outcome of unrelated donor marrow transplantation is influenced by donor-recipient matching for HLA. PacBio long reads can span multiple single nucleotides and structural variants, which directly phases the variants into haplotypes.
3.DNA甲基化
DNA methylation is a process by which methyl groups are added to the DNA molecule. It is essential for normal development and is associated with a number of key processes including genomic imprinting, X-chromosome inactivation, repression of transposable elements, aging and carcinogenesis. There are many ways to detect DNA methylation, including 全基因组亚硫酸氢盐测序, 甲基化DNA免疫沉淀测序（MeDIP） 但这些方法很难进行实验操作。
PacBio平台可以描述DNA甲基化的直接检测，而无需根据荧光脉冲信号间隔的差异进行亚硫酸氢盐转换。此外，长读测序允许更彻底的区域CpG甲基化评估，并提高了研究阶段性单核苷酸变异与等位基因特异性CpG甲基性之间关系的能力。
主要特征和优势
- 长篇阅读。它有利于全基因组变异信息挖掘、染色体结构变异（SV）和融合基因的准确分析
- 无PCR扩增。有效避免扩增偏倚，易于跨越GC含量高、序列重复性高的区域，确保基因组覆盖的完整性和同质性。
- 通过测量碱基掺入过程中的动力学变化直接检测表观遗传修饰
项目工作流程
样品要求：
1. DNA amount: ≥ 10 μg
2.DNA纯度：OD260/280=1.8~2.0，无降解或RNA污染
Sequencing Strategy: 20 kb Library, ≥ 10X genome coverage depth
数据分析
In terms of the extensive experience in human genome resequencing service, 博凯森生物 provides statistical and bioinformatic data analysis services on SV detection, Haplotype Genotyping, DNA Methylation, and customized bioinformatics services are also available upon request.
分析管道
博凯森生物提供全基因组重测序服务包，包括样本标准化、文库构建、深度测序、原始数据质量控制和生物信息学分析。我们可以根据您的研究兴趣定制此管道。如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。
1.人类全基因组重测序的深度是多少？
测序深度由研究目的、样本数量和您的需求决定。人类全基因组重测序的一般深度为30倍。为了检测种系变异，我们建议测序深度为30-50X，例如 单基因疾病。对于具有多个样本的群体研究，如果你专注于SNP，10倍的测序深度就足够了。如果你关注癌症组织的结构变化，我们建议测序深度应大于50倍。
2.可以使用哪些方法来验证结果？
全基因组重测序可以检测不同类型的遗传变异，包括SNP、InDel、SV和CNV。
- PCR扩增和测序或SNP基因分型可用于验证SNP。
- PCR扩增和Sanger测序可用于验证短片段InDels。
- 实时PCR可用于验证CNVs。
- 小规模SVs可以通过PCR扩增和测序进行验证，而大规模SVs需要通过显微镜观察（如FISH）进行验证。
