CD Genomics很自豪能够提供和定制大多数类型的转录组学服务，以满足我们客户的研究目标和预算。我们能够从项目设计、项目启动到高质量结果全程为您提供指导。
转录组是从一个细胞或一群细胞中分离出来的所有RNA分子的集合，包括mRNA、rRNA、tRNA和其他非编码RNA。转录组学是通过对包括mRNA和非编码RNA在内的完整RNA转录本集合进行编目，从而在特定条件下对细胞基因表达进行高通量研究。转录组学能够以单核苷酸分辨率对转录进行全基因组分析，包括确定转录本的相对丰度、无偏见地鉴定可变剪接事件和转录后RNA编辑事件，以及检测单核苷酸多态性（SNP）。该方法优于现有方法，如微阵列和表达序列标签。它是研究早期胚胎发育、细胞分化、系统发育推断和生物标志物发现的有力工具。
首先从样品中分离总RNA，然后文库制备可能涉及诸如基于poly-A的mRNA富集或基于核糖体去除的RNA富集、RNA片段化、逆转录为cDNA、接头连接和PCR扩增等步骤。由于核糖体去除可以富集带或不带poly-A尾的RNA，因此优于poly-A选择。因此，经过rRNA去除的转录组通常被认为是总RNA，包括mRNA和非编码RNA。随后的深度测序使用Illumina HiSeq（单端、短读长或双端、长读长）或PacBio SMRT（非常长的读长反应）进行配置。非常长的读长测序策略能够对全长异构体进行测序，而无需组装。转录组学研究的最后一步是生物信息学分析，通常涉及原始数据的质量修剪、与参考基因组的比对/映射或从头组装、映射后操作和质量控制，以及高级数据挖掘，如基因表达的量化。
检测所有RNA类型：传统的转录组测序利用Oligo d(T)方法纯化带有Poly(A)尾的RNA分子。然而，许多流行的RNA分子，如环状RNA和某些长链非编码RNA（LncRNA），缺乏Poly(A)尾，导致它们在处理过程中丢失。CD Genomics提供针对不同物种设计的rRNA去除试剂盒，能够保留所有RNA类型。
适用于降解样品：CD Genomics采用专有试剂盒，与降解样品兼容，可在高度降解的样品中保留RNA信息。该方法特别适用于临床样品的转录组分析。
链特异性检测：许多遗传位点产生具有关键调控功能的反义RNA，其转录方向相反。传统的文库制备方法无法区分这些反义RNA，但CD Genomics利用���特异性文库制备，能够准确检测反义RNA，从而提供更全面的转录组信息。
专业的生物信息学分析：我们拥有一支强大的生物信息学团队，能够满足客户各种深入的数据分析需求。
高分辨率：它可以辨别基因主页族中相似的基因和由可变剪接引起的单核苷酸差异。
检测范围广：它可以精确地计数从几个到数万个拷贝，同时识别和量化常见和稀有转录本。
差异mRNA、环状RNA和长链非编码RNA（LncRNA）表达分析
在获得高通量测序数据后，我们采用严格的标准，要求最小倍数变化≥2，P值≤0.05的显著性水平，以鉴定差异表达的mRNA、环状RNA和LncRNA。
差异表达mRNA、环状RNA和LncRNA的聚类
差异表达mRNA、环状RNA和LncRNA的基因本体（GO）和信号通路分析
对差异表达的mRNA、环状RNA和LncRNA的来源基因进行功能和信号通路富集分析，有助于推断这些RNA分子的功能。
长链非编码RNA-mRNA共表达网络构建
利用长链非编码RNA（LncRNA）和信使RNA（mRNA）之间的共表达关联，我们构建了一个共表达网络图。该方法有助于鉴定LncRNA靶基因和推断LncRNA的功能。
竞争性内源RNA（ceRNA）分析
通过分析环状RNA-microRNA相互作用网络，我们可以帮助揭示作为miRNA海绵的环状RNA的功能和机制。
circRNA/LncRNA-miRNA-mRNA网络构建
某些circRNA/LncRNA分子可以通过与miRNA结合来调节miRNA靶基因的表达。通过分析circRNA/LncRNA-miRNA-mRNA的关联，我们可以帮助推断作为miRNA海绵的circRNA/LncRNA分子及其作用机制。
我们独特的长短读长、单端和双端测序、链特异性以及每次运行数千万至数十亿读长的能力，使我们能够以多种方式对您的样品进行测序。我们经验丰富的人员可以帮助您确定如何最好地利用我们的服务来满足您的项目需求，我们严格的质量控制可以确保您交付结果的完整性。请随时联系我们的专主页，讨论适合您文库制备和测序的策略。
