纳米孔全长转录序列测定

纳米孔简介

The complexity of short-read second-generation sequencing data assembly and the inability to reliably resolve repeat sequences or large genomic rearrangements were overcome by the third generation of sequencing, they all generate very long reads (1–100kb), which is distinct from next generation sequencing.

2014年，牛津纳米孔技术公司以MinION的形式发布了纳米孔测序，MinION是一种使用膜嵌入生物纳米孔网格的手持式测序仪。纳米孔所在的膜提供了两种离子溶液的分离，允许电流流过纳米孔。长DNA分子是通过在解旋酶之前在双链分子的一端添加发夹接头来制备的，附着在模板上的运动蛋白解开并将单链DNA穿过纳米孔通道。DNA可以一次一个碱基地穿过孔，核苷酸碱基诱导流经纳米孔的电流发生特征性变化，这些变化被转化为碱基调用。由于测序过程使用的可耗尽试剂很少，因此可以有效地继续进行，直到达到令人满意的结果。

主要特征和优势

1.可映射长度稍长（>2Mb），

2.ONT MinION提供了非常高的通量，因为纳米孔可以对多个分子进行测序。

3.ONT数据生成的成本较低。

由于测序成本是TGS应用的一个重大障碍，相对较高的吞吐量和可负担性使ONT在许多应用中具有前景。

项目工作流程

	样品要求 样本物种：人类、大鼠、小鼠 Sample type: Blood, tissue (<0.5cm3), cell (3 × 106-1 × 107), RNA 确保您的RNA样本符合以下标准： 平均片段大小：~2kb 通过Qubit RNA HS测定法测量的输入质量：250 ng 260:280的比例约为2.0 260:230的比例为2.0-2.2 缓冲液中没有洗涤剂或表面活性剂
	测序服务策略 ONT平台，库：8K， 2G/每个样本
	数据分析 牛津纳米孔技术长读加工 删除冗余 查找融合转录本 结构分析 转录因子预测 lncRNA分析 基因功能注释 SNP呼叫 基因/转录物表达水平的量化和差异表达分析 功能富集分析 PPI（蛋白质相互作用）

长读长ONT对于转录组研究非常有用，特别是对于基因亚型鉴定。凭借专业知识和奉献精神，博凯森生物的先进ONT平台和服务将成为您全长转录测序的最佳伴侣。请联系我们以获取更多信息和详细报价。

参考：

1. Weirather J L，Cesare M D，Wang Y，等.太平洋生物科学与牛津纳米孔技术的综合比较及其在转录组分析中的应用[J]。F1000研究，2017，6:100。