CRISPR筛选测序

CRISPR筛选测序介绍

CRISPR Screen是一种高通量筛选重要分子靶点的方法。一个高效的CRISPR筛选始于一个设计良好的sgRNA文库,该文库靶向感兴趣的基因或位点。sgRNA是基于序列设计的,然后合成,克隆到载体上或转录成RNA,用于细胞系统中的转染。然后用广泛使用的正面或负面选择进行筛选。将细胞物理分离成两个或多个群体后,将进行PCR扩增和大规模平行测序。经过数据分析,将确定sgRNA和感兴趣的靶基因。

CRISPR-Screen技术用于高通量筛选,可以产生大量基因突变细胞,并且可以在不同外部环境的刺激下筛选突变细胞库。通过高通量测序和生物信息学分析,可以进一步确定表型和基因型之间的关系。此外,基于CRISPR/Cas9文库的高通量筛选也克服了RNA干扰筛选技术面临的转染效率低和仅在mRNA水平抑制基因表达的问题。在精准医学时代,它具有巨大的科研价值和广阔的应用空间。

为了满足研究界的新兴需求,博凯森生物通过利用基于扩增子的下一代测序,开发了一种负担得起、可靠和高通量的CRISPR-Screen测序策略。我们的CRISPR Screen测序服务可以为您提供有关sgRNA和靶向基因分析以及功能富集分析的直接和详细的信息,以帮助研究人员以高通量的方式研究基因功能。

Overview of CRISPR Screening 图1。CRISPR筛查概述

CRISPR筛选测序工作流程

我们经验丰富的专主页团队遵循每一个程序执行质量管理,以确保全面准确的结果。我们的CRISPR Screen测序工作流程概述如下,包括DNA分离、PCR实验、测序和生物信息学分析。我们的CRISPR筛选测序还可以帮助研究人员确定哪些基因敲除产生了与筛选相关的表型。

Our workflow of CRISPR Screen Sequencing 图2:我们的CRISPR筛选测序工作流程

服务规范

样品要求和制备
  • 样本类型:阳性/阴性选择后的细胞或DNA样本
  • DNA sample: ~1.5 μg (concentration ≥ 30 ng/μl; OD260/280=1.8~2.0)
  • Cell sample: 5×106. 细胞
测序服务
  • Illumina HiSeq平台
  • 配对末端150 bp或300 bp
  • 测序质量指标分析
生物信息学分析

我们提供定制的生物信息学分析,包括:

  • 原始数据质量控制
  • 参考对齐
  • sgRNA丰度分析
  • sgRNAs丰度的差异分析
递送
  • 原始数据(FASTQ)
  • 数据分析报告

我们的优势

  • 广泛的多路复用灵活性和高通量测序,能够量化和比较sgRNAs的频率
  • 成本效益高,检测水平高,无偏差
  • 无需费力耗时的克隆步骤
  • 专业博士级科学主页的全力支持

博凯森生物能够帮助您以相当便宜的价格鉴定sgRNA和感兴趣的靶基因,并进行深度测序。我们可以同时对数百个样本进行测序。将使用MAGeCK工具分析sgRNA的丰度和组间差异。如果您有其他要求或问题,请随时与我们联系。

参考文献

  1. Ella H, 使用CRISPRCas9技术的遗传筛查和功能基因组学。 欧洲生化学会联合会杂志, 2015, 1383-1393.
  2. 周, 人细胞功能基因组学CRISPR/Cas9文库的高通量筛选[J]。 自然, 2014, 509(2):487-491.
仅供研究使用。不用于诊断程序。
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