表观基因组测序（DNA甲基化分析）

博凯森生物为全基因组表观基因组学分析提供了五个平台，每个平台都旨在容纳广泛的样本类型并满足您的特定研究需求，使研究人员能够轻松地研究表观遗传改变。这些信息不仅将帮助我们了解DNA甲基化的作用，还将帮助我们确定治疗靶点。

什么是表观遗传修饰

表观遗传修饰是影响基因表达而不改变DNA序列的可逆修饰，可以在细胞分裂过程中遗传。两种最具特征的表观遗传修饰是DNA甲基化和染色质修饰。表观遗传修饰在基因表达和调控中起着重要作用，并参与了许多细胞过程，如分化、发育和肿瘤发生。DNA甲基化最常见于胞嘧啶的C5位，其次是脊椎动物中的鸟嘌呤（CpG位点），或植物或哺乳动物胚胎干细胞中的非CpG位点，如CHG和CHH。DNA甲基化是由DNA甲基转移酶（DNMT1、DNMT3a和DNMT3b）建立和维持的。

DNA甲基化测序技术

由于缺乏对DNA甲基转移酶的维护，在标准的分子生物学操作中，如细菌中的分子克隆和PCR，DNA甲基化信息可能会丢失。几种技术包括 甲基化DNA免疫沉淀（MeDIP）, 亚硫酸氢盐测序，以及 亚硫酸氢盐测序（RRBS） 已经提出保存DNA甲基化信息并同时将其转化为定量和可测量的信号。通过与高通量测序相结合，这些技术提供了有关DNA甲基化的全面可靠的全基因组信息。不同基于NGS的DNA甲基化测序技术的简要概述和工作流程如下图1所示。

图1。不同的基于NGS的DNA甲基化分析方法（郑 等., 2016).

就这些方法的优点和偏见而言， BS序列 和 RRBS 可以产生碱基分辨率的DNA甲基团，而 MeDIP序列 只能在整个基因组中产生特定区域的相对富集。染色质免疫沉淀（ChIP）为研究正常和患病组织之间与特定基因启动子区域相关的组蛋白甲基化水平提供了一种有利的工具。识别DNA结合蛋白的遗传靶标并揭示蛋白质与DNA相互作用的机制对于理解细胞过程至关重要。染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)允许您以最小的测序偏差充分利用染色质研究。

我们的表观基因组测序解决方案包括：

• 表观型DNA甲基化分析EpiTYPER DNA甲基化分析是一种精确的靶向方法，用于定量测量特定CpG位点的DNA甲基化水平，为评估表观遗传修饰提供了高度的准确性。
• 全基因组亚硫酸氢盐测序：全基因组亚硫酸氢盐测序提供了整个基因组DNA甲基化模式的全面视图，允许检查甲基化和非甲基化胞嘧啶。
• 靶向亚硫酸氢盐测序: This sequencing methodology selectively captures and examines defined genomic regions, facilitating the precise and cost-effective analysis of DNA methylation patterns.
• 亚硫酸氢盐测序的简化表示：亚硫酸氢盐测序是一种专注于基因组子集的方法，在基因组覆盖率和DNA甲基化分析的成本效益之间实现了平衡。
• MeDIP测序: MeDIP Sequencing facilitates the enrichment and analysis of methylated DNA fragments, offering valuable insights into the patterns of DNA methylation and their potential functional implications.
• 甲基RAD序列：MethylRAD-Seq是一种将甲基化敏感限制性内切酶和下一代测序相结合的技术，可以在单核苷酸水平上分析DNA甲基化状态。
• ChIP序列染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）是一种强大的方法，用于鉴定蛋白质-DNA相互作用、阐明转录因子结合位点和探索表观遗传修饰。
• hMeDIP-seq羟甲基化DNA免疫沉淀测序（hMeDIP-Seq）用于专门研究DNA羟甲基化，这是一种参与基因调控的关键表观遗传标记。
• MeRIP测序 （m6A分析）：MeRIP测序侧重于RNA修饰，特别是N6甲基腺苷（m6A），有助于理解转录后调控和RNA修饰动力学。
• RIP序列：RNA免疫沉淀测序（RIP-Seq）用于探索RNA和蛋白质之间的相互作用，为RNA结合蛋白的功能及其对RNA功能的影响提供了有价值的见解。
• ATAC序列ATAC-Seq产生了关于染色质可及性的数据，能够识别基因组中开放和封闭的染色质区域。
• NGS-BSP亚硫酸氢盐转化DNA的下一代测序（NGS-BSP）是一种用于全面DNA甲基化分析的方法，提供了单碱基分辨率的见解。
• DNA 6mA测序：DNA 6mA测序侧重于检测和定量DNA中的N6甲基腺嘌呤（6mA），这是一种新兴的表观遗传标记。
• DAP序列服务：DNA亲和纯化测序（DAP-Seq）是一种用于揭示蛋白质和DNA之间相互作用的方法，从而增强我们对DNA结合蛋白及其在基因调控中的功能的理解。
• oxBS-seq氧化亚硫酸氢盐测序（oxBS-seq）是一种专门的方法，用于区分DNA中的5-甲基胞嘧啶（5mC）和5-羟甲基胞嘧啶，揭示它们在表观遗传调控中的不同作用。
• 5mC/5hmC测序：我们的高通量5mC/5hmC测序服务利用多个成熟稳定的平台，高效、简单、准确地帮助您进行表观遗传学研究。

我们长期的经验和先进的平台使我们能够提供从项目咨询、免疫沉淀、图书馆建设、测序和生物信息学分析在内的全面服务。

参考:

1. 郑H.M。， 等甲基化DNA免疫沉淀亚硫酸氢盐测序用于全基因组DNA甲基化分析的效率。 表观基因组学. 2016, 8(8):1061-77.