RIP序列

RIP-Seq简介

转录物生命周期的每一个活动，从出生（聚合酶）到降解（核酸酶），都涉及蛋白质结合。除了蛋白质生产外，这些转录物的一个子集在其他重要过程中起着至关重要的作用，如表观遗传调控和转座子沉默的基因组保护。大多数研究都集中在转录组学分析上。然而，据信，mRNAs的水平并不总是与稳态蛋白质水平直接相关。随着人们开始认识到转录后发生的RNA加工和翻译事件的作用，在细胞环境中鉴定与RNA结合蛋白（RBP）相关的RNA的兴趣正在增长。

RIP-Seq maps the sites at which proteins are bound to the RNA within RNA-protein complexes. RNA immunoprecipitation (RIP) implies the purification of RNA–protein interactions in native conditions by using a protein-specific antibody to map the RBP of interest. The advent of sequencing technologies, coupled to various RIP chemistries, has enabled the simultaneous detection of thousand of bound transcripts (mRNAs, non-coding RNAs or viral RNAs) in a single experiment. CD genomics provides RIPed RNA sequencing to obtain insights into not just the well-established processes such as transcription, splicing and translation, but also in newer fields such as RNA interference and gene regulation by non-coding RNAs.

RIP序列工作流程

博凯森生物应用Illumina NGS设备对结合的转录物进行测序，揭示了RBPs的全基因组相互作用。研究人员将提交基于细胞系或组织中特定蛋白质免疫沉淀的适当RIP方法提取的RNA。我们的RIP-Seq服务提供从样品质量控制到数据分析的工作流程，能够快速分析和深入了解RNA。

图2:RIP序列工作流程

服务规范

	样品要求 Fragment sizes: 100 – 800 bp 免疫沉淀RNA>50 ng，浓度>10 ng/ul，OD260/280 1.8-2.0
	测序服务 Flexible service options include HiSeq X NextSeq 500
	生物信息学分析 原始数据质量控制 对齐和基于TPM/RPKM/FPKM的定量 表情分析 备选拼接分析 GO和KEGG注释

可交付成果

• 原始测序数据
• 实验结果
• 数据分析报告
• 单细胞测序中的详细信息供您写作（定制）

如果您有其他要求或问题，请随时与我们联系。

参考

赵J 等通过RIP-seq在全基因组范围内鉴定多梳相关RNA。 分子细胞，2010年12月22日；40(6):939-53