高通量测序数据分析

博凯森提供生物信息学数据分析服务,包括 测序, 基因分型, 和 芯片实验等产生的数据.

简介

高通量测序技术可生成大量且质量各异的数据,目前并不存在适用于所有情况的最优分析流程。我们专注于根据您的具体项目定制生物信息学分析流程。

我们的生物信息团队由具有博士学历的科学主页组成,专业背景涵盖计算机语言、统计学、生物信息学、遗传学和基因组学等,我们用于分析的软件基础架构结合了自研工具和开源软件。我们提供二代/三代测序数据的分析服务,提供可供文章发表的图表结果,并提供个性化的数据解读支持。博凯森提供的全套生物信息学服务助您数据分析一臂之力。

生物信息学分析流程

高通量测序技术能够产生海量的文本数据,因此并不存在适用于所有情况的最优的生物信息分析刘晨给。我们专注为您的具体项目制定的分析流程。根据您具体的分析需求,提供合适的项目分析方案并执行,充分发挥数据的价值.

  • NGS数据分析流程图

bioinformatics services (Roy et al. 2016)

NGS数据的一般生物信息学分析流程包括:碱基识别(依赖于平台)、去混合(可选步骤)、序列比对以及变异检测等分析.
  • 芯片数据分析流程图

bioinformaticsservices (Afshari et al. 2010)

芯片数据的一般生物信息学分析流程包括:背景校正、归一化、基因表达模式聚类、类别预测,以及生物机制预测等分析.

服务范围

博凯森的生物信息学分析服务涵盖广泛的基因组学数据类型,包括但不限于 基因组学, 转录组学, 表观基因组学, and 芯片实验数据.

基因组数据分析服务(靶向、外显子组和全基因组测序) 宏基因组学 转录组数据分析 表观基因组数据分析 三代基因组测序数据分析 单细胞RNA数据分析 芯片数据分析
1. Disegno in silico of gene panel 1. RNA16S sequencing 1. Sequence quality checks 1. Analysis of ChIP-Seq data (transcription factors, histones) 1. Quality Control and Error Correction 1. Quality Control and Preprocessing 1. Microarray data quality control
2. Sequence quality checks 2. Identification of microbial communities composition 2. De-novo transcriptome assembly 2. Analysis of bisulfite sequencing data (Methyl-Seq) 2. Gene/Gene Isoform Expression 2. Exploratory Analysis 2. Differential expression analysis
3. De-novo genome assembly 3. Differential expression analysis of genes, isoforms and exons 3. Differential methylation analysis in CpG and non-CpG regions 3. Novel Gene Discovery and Full-Length Isoform Identification 3. Cell Type Identification
4. Sequence alignment versus reference genomes 4. Analysis of fusion genes, circularized RNAs and trans-splicing events 4. HiC analysis 4. De Novo Fusion Gene Detection and Fusion Isoform Expression Profiles 4.Trajectory Analysis
5. Variant calling, annotation and prioritization (single samples, matched normal-tumor pairs, family trios) 5. Detection of long non-coding RNAs 5. Allele-Specific Expression and Haplotyping 5.Integrative Single-cell Analyses
6. Gene-ontology and pathway enrichment analysis 6. Gene-ontology and pathway enrichment analysis 6. De Novo Genome Assembly 6. Ligand-Receptor Analysis
7. Analysis of CNV and large rearrangements 7. Gene expression-dependent survival analysis 7. De Novo Transcriptome Assembly 7. Spatial Transcriptomic Analysis
8. Clonal evolution and heterogeneity in cancer 8. Methylation Calling, Nucleosome Positioning, and Chromatin Accessibility

我们为您提供两种分析服务选项:

标准分析:仅提供基础结果,不包括对实验背景的解释(如带注释的变异列表、差异表达基因及其统计数据、结合位点等)。该服务通常会产生一定的测序成本。

定制化分析:在提供结果的同时,由专主页提供深入解析,帮助设计研究方案,执行定制分析,优化数据展示方式等。

我们的优势

  • 定制化生物信息分析流程,更贴合科学假设.
  • 兼容各种测序平台数据,如Illumina, Ion Torrent, PacBio SMRT,和 Nanopore
  • 提供可用于发表的高质量图表和数据
  • 精准的测序与芯片服务
  • 专业且经验丰富的专主页团队
  • 快速的服务响应时间

联系我们

需要更详细的生物信息学服务的信息?或希望我们帮助分析您的数据分析?欢迎随时联系我们,我们将竭诚为您服务!

参考文献:

  1. Roy, S.; et al. Next-Generation Sequencing Informatics: Challenges and Strategies for Implementation in a Clinical Environment. Archives of Pathology & Laboratory Medicine, 2016, 140(9), 958–975.
  2. Afshari, C. A., Hamadeh, H. K., & Bushel, P. R. The Evolution of Bioinformatics in Toxicology: Advancing Toxicogenomics. Toxicological Sciences, 2010, 120(Supplement 1), S225–S237. doi:10.1093/toxsci/kfq373
注意:本产品仅限科研用途,禁止用于临床诊断。
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