博凯森生物提供PacBio单分子实时（SMRT）测序，以增加您的细菌全基因组测序研究方法。全面了解细菌基因组，包括基因、调控区、IS元件、噬菌体整合位点和碱基修饰，对于理解抗生素抗性、毒力和代谢等关键特征至关重要。
SMRT测序 产生长读数（平均>15000bp，有些读数>100000bp）和最高的共识精度。它对基因组特别有帮助 重新 组装。众所周知，重复的DNA片段非常丰富，是阻碍准确测序和基因组组装工作的主要技术挑战之一。在细菌的情况下，rRNA基因操纵子通常是重复序列的最大区域，大小在5到7kb之间。 微生物全基因组测序 Illumina HiSeq平台利用合成测序技术，该技术受其读取长度的限制，目前范围为50至300 bp，并且由于它需要在测序前对多个DNA模板进行PCR扩增，因此可能存在碱基组成偏差，这可能会影响序列的G+C含量。
The advantage of SMRT long reads, which can overcome the problem of abnormal GC and high duplication of bacterial genomes, often assembled into a single contig. Among all assemblies, the PacBio assembly recovered the highest number of core and virulence proteins, and housekeeping genes based on whole-genome multilocus sequence typing. It is easier to achieve complete assembly or fine map, and help you rapidly advance your research to explore the genetic structure and functions.
项目工作流程
我们经验丰富的专主页团队通过遵循每一个程序来执行质量管理，以确保全面准确的结果。细菌全基因组测序的一般工作流程概述如下。
- 样品数量建议
1. DNA amount: ≥ 5 μg
2.DNA纯度：OD260/280=1.8~2.0，无降解和RNA污染
- Sequencing Strategy: 2-20 kb Library, ≥ 60X genome coverage depth
在博凯森生物，我们正在使用长期阅读的PacBio Sequel平台来支持世界各地的细菌研究人员 重新 需要全基因组测序。我们的生物信息学分析包括：基因组组装和抛光、基因预测、基因组注释和比较物种基因组分析。
1.哪些指标可用于评估细菌基因组组装？
基因组组装质量的常见指标包括支架N50、N%、支架数量和碱基对总数。
2.如何实现零差距？
目前，通过结合Illumina HiSeq和PacBio SMRT系统，可以构建90%以上细菌菌株的完整序列图。Pacbio RS II系统即使在GC含量高或低的区域以及重复序列中也可以实现完整的基因组组装。其余10%的细菌菌株的完整序列图可以通过Sanger测序数据获得。博凯森生物已经无间隙地完成了数百个细菌基因组组装案例。
PacBio而非Illumina技术可以实现快速、准确和完全关闭高GC、复杂的 类鼻疽伯克霍尔德菌 双染色体基因组
背景
Clostridium autoethanogenum strain JA1-1 (DSM 10061) is an acetogen capable of fermenting CO, CO2 and H2 (e.g. from syngas or waste gases) into biofuel ethanol and commodity chemicals such as 2,3-butanediol. A draft genome sequence consisting of 100 contigs has been published.
结果
A closed, high-quality genome sequence for C. autoethanogenum DSM10061 was generated using only using PacBio sequencing to achieve "0 Gap" assembly and without the need for manual finishing. But there are still many gaps in the genome obtained using Illumina and 454 sequencing platforms. C.自乙醇根 和 C.李在16S rRNA基因水平上无法区分，相似性得分很高。通过全基因组测序，发现两者在CRISPR系统、氢化酶等方面存在显著差异，难以通过第二代测序检测到。
参考
表1菌株DSM 10061的组装统计
图1。DSM1061基因组组装的比较。
参考:
布朗，S.D。； 等单分子测序和杂交方法在完成基因组测序方面的比较 自生乙醇梭菌，以及工业相关梭菌中CRISPR系统的分析。 生物燃料生物技术. 2014, 7(2): 27-27.
