全基因组关联研究

全基因组关联研究(GWAS)是对具有丰富遗传多样性的群体中的每个个体进行测序,结合目标性状的表型数据,基于一定的统计方法进行全基因组关联分析,可以快速获得影响目标性状表型变化的染色体片段或基因位点。GWAS不受参考基因组的影响,可以快速准确地实现多个靶性状基因的有效定位。它具有“材料来源广、遗传变异丰富、性状定位全面”的优点,在许多物种中得到了广泛的应用。根据不同的物种和基因组的不同特征,可以通过不同的测序方法对每个个体进行测序。

GWAS工作流程

Genome-wide association study (GWAS)

GWAS的优势

  • 全基因组调查
  • 基于单基的高分辨率
  • 广泛的研究材料和丰富的变化可用

样品要求

  • Natural populations with reference genome ≥200;
    multiple minor loci-controlled trait populations ≥500
  • 样本间无明显亚组分化
  • 所研究表型性状的强遗传性
  • DNA sample: ~1.0 μg (concentration ≥ 10 ng/μl; OD260/280=1.8~2.0)
测序服务

  • WGS:基于SNP的10X/样本;基于CNV的30X/样本
  • GBS:10~20W标签;平均8 X/标签
  • Illumina Hiseq
  • 测序质量指标分析
生物信息学分析
我们提供定制的生物信息学分析,包括:
  • 原始数据质量控制
  • 参考对齐或组装
  • LD衰减距离分析
  • 主成分分析、结构、亲属关系分析
  • GWAS分析
  • LD块分析
  • 个性化分析

递送
  • 原始数据(FASTQ)
  • 重要SNP信息
  • QQ阴谋与曼哈顿阴谋
  • 数据分析报告
仅供研究使用。不用于诊断程序。
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