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常见问题解答

调查

  • 样品交付

  • 1.博凯森生物接受哪些服务起始材料？
  • 2.我们将在不同的时间点收集几个样本。收集所有样本时，我们应该进行测序吗？
    • 您可以分批向我们发送样品。这将使我们能够首先运行QC来检查样品质量。如果样品没有通过质量控制，这将给你一些时间来准备新的样品，我们将在收到所有样品后进行测序。
  • 3.您能推荐任何首选的RNA/DNA分离试剂盒，为NGS服务提供最优质的样本吗？
    • 对于RNA-seq，Trizol更常用，您可以按照Trizol试剂盒中的说明使用氯仿/苯酚法进行纯化。另一种更简单的方法是使用商业试剂盒（例如Qiagen RNeasy Mini kit）。此外，为了从植物样本中分离总RNA，我们推荐Qiagen RNeasy plant Mini Kit。
      For miRNA sequencing, you may isolate your RNA sample with a mirVana™ miRNA Isolation Kit or Qiagen's kit. We prefer receiving Total RNA sample however so we can perform the Bioanalyzer QC to check the RNA quality before beginning library construction.
      对于其他服务，只要满足质量控制的最低要求，通常没有首选的DNA/RNA分离试剂盒。
  • 4.博凯森生物会将我的样本保存多久？你把剩下的样品寄回给我吗？
    • 由于DNA测序设施冷冻库的空间有限，我们只能将您的样本保存2个月，之后它们将被丢弃，恕不另行通知。如果您希望将剩余的样品退还给您，请联系我们，我们将收取运费/手续费。
  • 5.长途运输（如国际）会影响样品状况吗？
    • 通过使用适当的运输方式，运输不会影响样品状况。对于DNA样本，大多数DNA在冰中可以稳定几天，干冰则不需要。对于RNA样本，RNA的稳定性远低于DNA，您可以用干冰、乙醇沉淀或使用RNAstable试剂发送。对于组织样本，您可以发送RNAlater试剂并在室温下运输。
      请密封每个小瓶，以绝对防止泄漏、破裂和蒸发，建议使用二次容器。
  • 6.你们接受WES和RNA-seq的FFPE样本吗？
    • 对。对于WES，我们可以使用降解的DNA。对于降解的FFPE RNA，我们使用Ribo Zero技术来耗尽rRNA，因为由于poly-A尾部的损失，正常方案将无法工作。

  • 技术平台

  • 1.你们有哪些测序平台？
    • 我们有Illumina测序平台和PacBio SMRT Sequel测序平台，我们正在建立牛津纳米孔平台。
  • 2.你们如何保证测序质量？
    • 我们将为客户提供每个主要步骤的质量控制报告，即初始输入样本的质量控制、库制备质量控制和原始数据质量控制，以检测测序质量。尽管如此，在运送样品之前，请确保进行自己的质量控制，以避免加工过程中的延误或其他陷阱。
      为了监控测序质量控制，将使用PhiX control。Illumina PhiX Control可以用作聚类过程中的阳性对照。如果样品制备过程中出现问题，PhiX仍会生成簇。这些集群有助于辨别集群的缺乏是由于样本制备失败还是集群生成过程中的失败。如果失败是由于测序运行造成的，我们将重复测序步骤。
  • 3.你们用什么样的方法进行质量控制？
    • 通常，我们会使用Qubit、NanoDrop和琼脂糖凝胶进行样品质量控制，以检测样品的数量，并使用安捷伦生物分析仪（行业标准）确定RNA完整性值（RIN）。
      还将使用安捷伦生物分析仪进行文库质量控制，以确定文库大小和纯度。此外，在将文库加载到测序仪上之前，我们进行qPCR定量。此费用包含在测序服务中。
      对于我们测序服务生成的最终数据的质量控制，集成软件通常会完成这项工作并提供足够的质量控制信息，但是，我们也可以根据要求提供额外的质量控制数据，如FASTQC。
  • 4.每种情况我需要多少个生物复制品？
    • 为了增加信心并减少实验误差，强烈建议您为每个治疗/组提交至少3个重复。请注意，这仅作为指导，最终重复和样品的数量将由最终用户根据其最终实验条件确定。我们不会从同一样本中制作技术复制库，因为下一代测序技术本身具有高度的可重复性。
  • 5.您是否将样本/文库集中在一个测序通道中？
    • 是的，我们可以对您的样本进行多重分析，降低每个样本的平均测序成本。
  • 6.If we don’t have enough input material as you suggest, can you still proceed?
    • 我们可以应用低输入DNA/RNA文库制备策略。或者，我们还可以提供DNA/RNA扩增的选择，然后进行文库制备。
  • 7.你们接受自备图书馆吗？
    • 是的，在装入测序仪之前，我们将对生物分析仪进行资格认证。我们需要至少10 nM的混合库。
  • 8.您使用什么技术进行SNP基因分型？
    • 我们提供全基因组规模和靶位点的SNP基因分型服务。
      对于全基因组SNP基因分型，我们使用下一代测序技术提供全基因组测序，我们还使用商业阵列提供SNP微阵列。
      对于靶位点基因分型，我们可以使用多种技术，包括MassARRAY SNP基因分型、SNaPshot和KASP技术，通过使用下一代测序。我们可以提供免费咨询，为您所要求的项目设计合适的方法。
  • 9.与使用基因表达谱微阵列相比，RNA-Seq有哪些优势？
    • 与基于微阵列的方法相比，RNA-seq提供了更高的覆盖率和更高的转录组动态特性分辨率，这更具成本效益。我们拥有尖端的Illumina平台，采用PE150测序策略（每个样本平均6Gb数据）和强大的数据分析能力，为您的研究提供支持。
  • 10.When is it necessary to eliminate rRNA from my samples before sequencing, and what’s the advantage by doing that?
    • 在总RNA中，rRNA占90%以上。在不富集Poly（A）或去除rRNA的情况下进行RNA-Seq将导致大多数读取来自核糖体RNA。因此，任何测序平台都需要富集Poly或去除rRNA。
  • 11.我们是否需要进行miRNA分离以进行miRNA测序？
    • 由于NEBNext Small RNA Library Prep试剂盒使用总RNA作为起始材料，因此不需要纯化miRNA。该试剂盒使用特殊的3'和5'接头，这些接头将特异性地连接到miRNA，而不是rRNA或其他转录物。不要使用可能过滤掉小RNA的柱试剂盒。
  • 12.如果测序失败怎么办？
    • Firstly, we do QC in every major step to ensure the success of the project. But the sequencing can sometimes fail for many reasons, including failures on our part, e.g. instrument malfunction, technician error and failures on customer, e.g. impure sample, misdesigned experiment. We will, to the best of our ability, assess whether a failed analysis is due to a failure on our part, and we may in such cases repeat an analysis at our cost. We will not be held liable for sequencing failures arising due to errors or problems in the Client’s laboratory.

  • 分析报告

  • 1.如何获取原始数据？
    • 原始数据和分析结果可以通过安全、密码保护的FTP传输。
  • 2.查看数据报告文件需要什么样的专用软件？
    • 您首先需要使用winrar解压缩fastq.gz文件，以便使用vim、nano、gedit、Notepad++查看。Nextgen工作台通常可以立即查看数据，而无需解压缩。解压缩的数据可以作为文本导入Excel的数据选项卡。
  • 3.你们提供什么样的数据？
    • 我们提供的原始NGS数据将是干净的fastq文件。我们还为您的项目发送了一份报告。如果您选择我们的生物信息学分析服务，将提供其他文件，如bam文件、vcf文件等（取决于分析）。
  • 4.我的项目数据将存储多长时间？
    • 我们在数据生成后将您的数据存储3个月，不收取额外费用。您可以要求我们保留更长时间（按成本计算）。
  • 5.我应该提供参考基因组进行数据分析吗？
    • 除了重新测序外，许多应用，如转录组测序，都依赖于高质量的参考基因组作为更深入分析的基础。完整的引用序列确保在哪里计数，而完整的引用注释确保计数什么。参考基因组的附加注释允许进行更深入的分析，如途径分析、替代转录检测。

  • 日程

  • 1.您的NGS服务的周转时间是多少？
    • 周转时间将取决于要测试的样品数量、运行类型、核酸提取和数据分析要求以及其他因素。通常，图书馆建设和测序服务的时间框架约为30个工作日。当我们与您建立项目时，我们会给您一个我们预计需要多长时间的估计。
  • 2.报价的典型有效期是多久？
    • 报价的有效期为60天。

  • 隐私安全

  • 1.我是否拥有我的结果的知识产权？您如何确保我们数据的安全性？
    • 是的，我们是一主页服务提供商，因此我们不主张任何知识产权。我们将对所有数据保密，并承诺未经您的许可，不会将数据分享给任何其他人。
仅供研究使用。不用于诊断程序。
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