转录组测序

凭借在基因组测序领域数十年的经验，CD genomics致力于提供前所未有的

转录组测序介绍

转录组学是一种与培养无关的分析（包括蛋白质编码和非编码DNA）

与…同时 宏基因组学 向我们展示了

转录组测序的优势

• 揭示微生物多样性真实程度的无培养方法
• 允许基于功能的活动屏幕
• 比霰弹枪随机测序更有针对性
• 具有成本效益和时间效益
• 广泛的应用，包括基础研究、生态学应用、临床应用，

转录组测序工作流程

我们经验丰富的专主页团队按照每个程序执行质量管理，以确保自信和

服务规范

	样品要求和制备 样本来源包括环境和临床样本、RNA和cDNA样本 The recommended total RNA amount for submission is 6 µg or more with a concentration of greater than 50 ng/µl The general workflow consists of sample quality control, RNA isolation, purification and qualification; library construction (including fragmentation, end repair, 5’ adaptor ligation, random primer tags and RT-PCR), and library qualification control.
	测序服务 HiSeq平台，PE125/150，MGI DNBSEQ-T7/DNBSEQ-G400 每个样本5Gb原始数据（如果包括真核数据，则为10G） More than 80% of bases with a ≥Q30 quality score PacBio’s SMRT technology 是
	生物信息学分析 我们提供 两种装配策略： 重新 组装或映射读取参考基因组 原始数据质量控制、单基因聚类组装和分析 单基因聚类分析包括功能注释（如GO和KEGG） 根据您的要求进行更多数据挖掘

分析管道

博凯森生物提供完整的复转录测序服务包，

参考：

1. Warnecke F，Hess M.观点：元转录组学作为发现新型生物催化剂的工具。 生物技术杂志, 2009, 142(1): 91-95.

1.RNA样本有哪些值得注意的问题？

The contamination should be rigorously excluded when sampling. In detail, sampling-related instruments and consumables should be sterilized and RNase-free. The freshly obtained samples should be immediately frozen by putting into liquid nitrogen, or directly submitting original environmental or clinical samples to us. The recommended total RNA amount for submission is 6 µg or more with a concentration of greater than 50 ng/µl.

2.你们对客户的样品采用什么样的质量控制方法？

在测序之前，我们将对您的总RNA样本进行质量控制。我们使用安捷伦

3.元转录组学的优点是什么？

超转录组学是对完整微生物转录组的基因组分析，提供了特别丰富的

Metatranscriptomics已被证明在表征不同无脊椎动物的RNA病毒组方面是成功的。

参考文献

1. Shi M，Neville P，Nicholson J，等.高分辨率转录组学揭示生态动态
2. 石敏，张，Holmes E.C.转录组学与RNA病毒的进化生物学。病毒

高分辨率的

期刊：病毒学杂志
影响系数：4.663
发布日期：2017年6月21日

背景

蚊子携带多种多样的RNA病毒，包括许多影响人类健康的病毒。虽然很多

结果

1.蚊子病毒

Blast分析显示了24种RNA病毒的完整基因组，其中19种是新发现的

2.病毒生态学

病毒的组成和丰度揭示了 库蚊 和 伊蚊 属（图1）。一般来说 伊蚊 蚊子携带的病毒较少。在24

图1。对……的概述

图2:这个

3.进化分析

作者发现了8种假定的负义RNA病毒和7种双链RNA 纳那维德科, 介形虫科, 黄症病毒科-related viruses. The authors performed phylogenetic analyses and genomic characterizations ( please refer to the original paper for more detailed phylogenetic information). interestingly, two viruses (WQLV and WPLV2) were co-appeared with a group of fungi termed “Unknown sp1, 2, and 3” and they had matching evolutionary histories (Figure 3).

图形考克斯1 基因）

参考：

Shi M，Neville P，Nicholson J，等。高分辨率转录组学揭示了 病毒学杂志，2017，91（17）：e00680-17。